Kleinunternehmer sind nicht zum Vorsteuerabzug berechtigt. Das bedeutet, dass Sie sich die gezahlte Vorsteuer für den Wareneinkauf oder für getätigte Investitionen von ihrem Finanzamt nicht erstatten lassen können. Hat ein Kleinunternehmer besonders hohe Investitionskosten, da er z.B. eine teure Produktionsanlage anschaffen muss oder eine besonders kostspielige Büroausstattung benötigt, so kann es für ihn eventuell günstiger sein, auf die Kleinunternehmerregelung zu verzichten und sich als Regelbesteuerer die Vorsteuer für die getätigten Investitionen vom Finanzamt erstatten zu lassen. Dies sollte im Einzelfall jedoch genau geprüft und durchgerechnet werden.

Auch für jemanden, der sich mit seinem Waren- oder Dienstleistungsangebot vorwiegend an andere Unternehmer richtet, kann sich die Kleinunternehmerregelung negativ auswirken. Er darf in seinen Rechnungen die Umsatzsteuer nicht extra ausweisen. Diese Art von Rechnungen verwehrt seinen gewerblichen Kunden jedoch den Vorsteuerabzug. Für den einen oder anderen Kunden kann es so unter Umständen günstiger sein, bei einem Konkurrenten zu kaufen, der seine Rechnungen mit Umsatzsteuerausweis erstellt.

Im täglichen Geschäftsverkehr sollte auch der Imagegedanke beachtet werden. Die Rechnungen des Kleinunternehmers unterscheiden sich von Rechnungen eines Regelbesteuerers durch die nicht extra ausgewiesene Umsatzsteuer. Der Kunde erkennt also auf einen Blick, mit welchem Unternehmen er es zu tun hat und kann die Unternehmensgröße durch die vorgeschriebenen Umsatzgrenzen sehr gut abschätzen. Besonders bei einem sehr professionellen Außenauftritt des Kleinunternehmers könnte sich dieser Fakt negativ auf das Image auswirken.